海南民族教育重点研究基地，是教育部民族教育发展中心于2016年7月份正式批准成立的民族教育科学研究机构，是海南热带海洋学院为数不多的部级研究机构之一。基地主任原来为过建春副校长，后为廖民生副校长，现在为杨学前副校长，副主任及日常工作联系人为余杰博士，工作人员2人，兼职研究人员20余人。基地研究工作依托和联系的本校二级学院主要为民族学院，以及其它中国-东盟教育培训中心、海南省民族研究基地、海南省民族学重点学科等科研平台。
海南民族教育重点研究基地，是在海南热带海洋学院深厚的民族师范教科研成果基础上申请成立的科学研究机构。基地的主旨，一是立足国家战略需要，服务国家和海南省民族工作、教育工作的大局、以及服务经济社会发展、民族团结、社会稳定的大局，围绕中央领导关心、群众关切的民族教育问题开展科学研究工作；二是在教育部、民族教育司、民族教育发展中心的领导与指导下，以促进国家民族教育事业改革为发展目标，以服务国家和海南少数民族地区的教育发展需要为导向，坚持理论与实践相结合的科学研究；三是坚持改革创新、强化特色和提升服务原则，整合我校、相关高校和民族地区学术资源，形成为党和国家民族教育发展政策服务的新型特色智库，成为海南民族教育发展服务的重要基地，为区域教育事业的腾飞发挥历史作用。
基地目前有三个主要研究方向：一,区域教育人才培养体系研究，负责人为余杰博士；二,区域民族义务教育均衡化发展研究，负责人为姜凤云教授；三,环南海国家和地区民族教育比较研究，负责人为张朔人教授。每个研究方向都有一支科研能力强、合作意识高的精干团队。各成员一直积极开展国内外各类教育合作与研究、学术交流活动等，并以开放的姿态愿意与各兄弟院校、民族地区各级教育机构加强联系、长期合作，密切联系地方教育与文化实际，不断探索民族教育科研服务社会发展的多种形式，培养社会需要的各类教育人才，服务于区域教育事业。基地将始终致力于民族教育的科学研究与实证调查,并努力推动研究成果的有效转化，为党和政府决策咨询服务、为推动国家和民族地区的教育文化事业、经济社会发展服务。